การสังเกตกิจกรรมของจุลินทรีย์
จุลินทรีย์ก่อตัวเป็นชุมชนแบบผสม และการเจริญเติบโตของพวกมันแบ่งออกเป็นสี่ระยะ (ระยะคงที่ ระยะลอการิทึม ระยะนิ่ง และระยะชราภาพ)
ภายใต้เงื่อนไขบางประการ โปรโตซัวสามารถหลั่งสารเจลาตินัสออกมาและสร้างเมมเบรนเพื่อล้อมรอบตัวโปรโตซัวจนกลายเป็นซีสต์ ซีสต์ส่วนใหญ่จะปกป้องร่างกายของโปรโตซัวจากปัจจัยด้านสิ่งแวดล้อมที่ไม่พึงประสงค์ (เช่น อุณหภูมิที่ไม่เหมาะสม การเปลี่ยนแปลง pH การขาดแคลนอาหาร เป็นต้น)
เมื่อสภาพแวดล้อมดีขึ้น ร่างกายของโปรโตซัวจะกลับมามีชีวิตชีวาอีกครั้งและออกมาจากถุงน้ำ ในทำนองเดียวกันแฟลเจลลาของแฟลเจลเลตจะหายไปภายใต้สภาวะที่ไม่เอื้ออำนวยและงอกใหม่เมื่อสภาวะเหมาะสม
เมื่อออกซิเจนละลายในถังเติมอากาศลดลงต่ำกว่า 1 มก./ลิตร วอร์ติเซลลาจะแสดงพฤติกรรมที่ผิดปกติ แวคิวโอลที่หดตัวจะขยายตัวอย่างมีนัยสำคัญ โดยมีฟองก๊าซยื่นออกมาจากปลาย และโปรโตซัวก็ตายอย่างรวดเร็ว
เมื่อค่า pH เปลี่ยนแปลงกะทันหันเกินช่วงปกติ Vorticella จะไม่ทำงาน วงแหวนปรับเลนส์ของพวกมันหยุดเต้น และร่างกายของโปรโตซัวจะหดตัวลงเป็นกอ
แม้ว่าจะมีการสังเกตพบ Vorticella จำนวนมาก แต่การมีอยู่ของร่างกายที่เหี่ยวเฉาหรือผิดรูป ก้านหางที่หลุดออก และแม้กระทั่งรูปร่างทรงกระบอก บ่งชี้ถึงสภาพแวดล้อมที่ไม่ดี ซึ่งสะท้อนถึงกิจกรรมของแบคทีเรียที่ลดลงและผลการบำบัดน้ำเสียที่เสื่อมโทรม
หากไม่มีมาตรการที่ทันท่วงที วอร์ติเซลลาจะยังคงเติบโตต่อไปและตายไปในที่สุด ซึ่งขัดขวางกระบวนการดำเนินงาน
สังเกตการเปลี่ยนแปลงชนิดและปริมาณของจุลินทรีย์
จำนวนแบคทีเรียที่มากขึ้นบ่งบอกถึงความสามารถในการย่อยสลายสารอินทรีย์ได้ดีขึ้น ตัวอย่าง ได้แก่ แฟลเจลเลตของสัตว์ อะมีบา และซิลิเอต
โดยทั่วไป มีความสัมพันธ์เชิงเส้นตรงระหว่างจำนวนซิลิเอตในถังเติมอากาศและอัตราการกำจัด BOD5 และ COD ของน้ำทิ้ง เมื่อ ciliates คิดเป็นประมาณ 65% ของโปรโตซัวทั้งหมด อัตราการกำจัด COD อยู่ที่ 89%–96% และอัตราการกำจัด BOD5 อยู่ที่ 87%–94%
เมื่อจำนวนของซิลิเอตในถังเติมอากาศสูงมาก (โดดเด่นในกลุ่มโปรโตซัว) บ่งชี้ถึงการเกิดตะกอนเร่งที่ดีและให้ผลการบำบัดที่เหมาะสมที่สุด
การเพิ่มขึ้นอย่างรวดเร็วของแฟลเจลเลตและการลดลงของซิลิเอตบ่งชี้ถึงการลดลงของกิจกรรมตะกอนเร่งและประสิทธิภาพการบำบัด
นอกจากนี้ สัตว์น้ำอื่นๆ เช่น โรติเฟอร์ ยังชอบน้ำสะอาดอีกด้วย การมีอยู่ของพวกมันในถังเติมอากาศบ่งบอกถึงประสิทธิภาพการบำบัดที่ดี แต่จำนวนที่มากเกินไปและการมีชนิดเดียวก็บ่งชี้ถึงประสิทธิภาพที่ลดลงเช่นกัน
โรติเฟอร์ที่ไหลเข้ามาจำนวนมากบ่งบอกถึงอายุของตะกอนเร่ง ส่งผลให้โครงสร้างหลวมและตะกอนลอยลอย ส่งผลให้ประสิทธิภาพการบำบัดลดลงอีก
ในช่วงที่มีน้ำเสียพิษเพิ่มขึ้น จำนวนของวอร์ติเซลลาจะลดลงอย่างมาก โดยมีซีเลียตที่ไม่ใช้งานเพียงไม่กี่ตัว เช่น *ไซโคลฟอรัส* ปรากฏขึ้น
สังเกตกิจกรรมการเผาผลาญของประชากรจุลินทรีย์
โปรโตซัวสืบพันธุ์แบบไม่อาศัยเพศและทางเพศ
ภายใต้สภาพแวดล้อมที่เอื้ออำนวย (สารอาหาร อุณหภูมิ ออกซิเจน ฯลฯ) โปรโตซัวมีส่วนร่วมในการสืบพันธุ์แบบไม่อาศัยเพศอย่างต่อเนื่อง การมีอยู่ของการสืบพันธุ์แบบอาศัยเพศ (การผันคำกริยา) มักบ่งชี้ถึงสภาพแวดล้อมที่เลวร้ายลงหรือประชากรอยู่ในช่วงชราภาพ
ดังนั้น เมื่อ ciliates แสดงกิจกรรมที่ไม่ดี ลมหมุนได้ดึงแผ่นดิสก์ในช่องปาก แวคิวโอลที่หดตัวขนาดใหญ่ แวคิวโอลของไซโตพลาสซึม ความผิดปกติ การผันคำกริยา หรือการก่อตัวของสปอรังเกียจำนวนมาก แม้ว่าแมลงจะมีจำนวนมากก็ตาม ก็บ่งชี้ว่าการรักษาไม่ได้ผล